Project DRIVE: A Compendium of Cancer Dependencies and Synthetic Lethal Relationships Uncovered by Large-Scale, Deep RNAi Screening

McDonald, E. R., III et al. Project DRIVE: A Compendium of Cancer Dependencies and Synthetic Lethal Relationships Uncovered by Large-Scale, Deep RNAi Screening. Cell 170, 577–586.e10 (2017). 

Cancer dependent target 을 찾으려는 수많은 shRNA (또는 CRISPR) library screening 연구들이 지속적으로 high-impact paper 에 publish 되어왔다. 어떻게보면 이런 연구의 끝판왕 처럼 잘 마무리한 본 논문은, (그러나 누가 또 뻔하지만 새로운 이야기를 들고 나오지 않겠냐만은…) 조촐한(?) 실험 스케일에도 불구하고 데이터 분석에 있어서 상당히 고민한 흔적이 엿보인다. 이전까지의 이런류의 논문에서 볼 수 없었던 고민들과 그 분석 결과 덕에, 이렇게 재미없는 스토리가 상당히 재미있었다. 

조촐한(?) 실험 스케일은 다음과 같다.

  • 389 cancer cell lines
  • 7837 geness
  • 20 shRNAs per gene
  • RSA, ATARiS

실험은 모두 노바티스 연구소에서 진행되었고, 이전 CCLE 를 만들었던 것을 기반으로 이번 스터디는 CCLE 의 확장판으로 보여진다. 이로써 CCLE dataset 이 완벽해진 것 같은 느낌이다. 

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CYCLOPS 와 RISC component 인 AGO2 expression/CN 으로 filtering 하는 것이, “허!” 것참 생각지도 못했네.
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EGFR Modifier 의 개념으로의 AREG
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Breast cancer 에서의 linear dependency
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Collateral Lethality. Eno1, eno2 로 처음 publish 된 내용인데, 이에관해 SMAD4-VPS4A 로 증명.
Eno1, eno2 가 CCLE 에 없는 모델이라 검증하지 못했다고 하는데, 너무나 아쉬웠다. 진짜로 검증이 되는지 너무 궁금하다. 본 논문에는 이것 외에도 여러 기존 발표들을 검증하려는 노력이 있어서 더 재밌다. 이 논문에서는 UBB-UBC 를 p53 loss 에서 제시함.
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그 외에도, hematopoietic malignancy 에 대한 이야기 (MPL, CDK3), MM 에서 IRF4 에 대한 이야기, Lung KRAS mut 에 대한 이야기, 그 밖에 또 KRAS 에 대한 이야기, 등등 찬찬히 다시 한 번 읽어볼만한 논문.

 

 

 

 

 

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CRISPR studies muddy results of older gene research putative cancer dependency targeted in on-going clinical trials

http://www.nature.com/news/crispr-studies-muddy-results-of-older-gene-research-1.21763

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5365317/#!po=57.5893

eLIFE 재현스터디에 재미 들린 듯. ㅎㅎㅎ

일단 RNAi 로 스크리닝된 MELK 가 cancer dependency 를 보인다는, 일본의 한 biotech 인 OncoTherapy Science (http://www.oncotherapy.co.jp/en/) 에서,

MELK inhibitor 인 OTS167 로 임상 중.

eLIFE 에서 CRISPR system 으로 검증해 봄. (Knockout single clone)

Proliferation 에 변화 없음. 

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그 다음으로, MELK knockout clone 에서 OTS167 sensitivity 를 봄.

똑같이 나옴. ㅠ

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Multi-target 인가 봄.

끝.

일단 Cas9 system 에서 가장 우려되는 점은 acute selection 이 아니라는 점이다. 오랜 시간 single cell 로 부터 만들다보면, 죽어버린 key pathway 를 bypass 하는 compensation mechanism 이 나올 것. 그런면에서는 siRNA 가 좋지 않을까?

어째든 그런 점 까지 고려해서 실험 했다는데 (cell-cell competition assay), 뭐 어떻게 한건지는 모르겠고;

그럼에도 불구하고 KO clone 에서 inhibitor 인 OTS167 sensitivity 가 차이가 보이지 않는 것은,, 쫌;;;

어째든 세포는 잘 죽이니, 안전하게 임상 1상 통과하고, mechanism 잘 밝히고, 무사히 development 하시기를…